新型冠状病毒研究专题论著

  • 新型冠状病毒肺炎感染病例中鼻咽拭子与咽拭子标本的病毒核酸检验结果分析

    李静波;郑福增;蔡纪堂;王俊杰;高磊;王丽辉;熊侃;刘清泉;

    新型冠状病毒(SARS-CoV-2)主要通过飞沫和密切接触传播,传染性强,目前在全球蔓延,给人的身体健康及世界公共卫生安全造成了严重的损害。病毒核酸检验是新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例确诊的金标准。本研究分别采集武汉江夏方舱医院67例确诊为COVID-19病例的鼻咽拭子与咽拭子标本送检,进行SARS-CoV-2核酸检验。其中28例患者鼻咽拭子病毒核酸呈阳性,13例患者咽拭子病毒核酸呈阳性,26例患者鼻咽拭子与咽拭子病毒核酸均为阴性。本研究结果提示,鼻咽拭子送检标本病毒核酸检验结果优于咽拭子标本(P<0.05)。

    2021年01期 v.37 1-4页 [查看摘要][在线阅读][下载 1081K]
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  • COVID-19确诊病例居住环境病毒检测结果分析及防控探讨

    王传宝;刘秀芳;蒋春云;尹德清;李涛;刘祥亮;张晓妮;吴芳芳;季圣翔;

    新型冠状病毒肺炎(COVID-19)传播速度快、感染范围广,其感染方式主要是聚集性感染,感染途径主要是呼吸道飞沫和接触传播。了解环境中,特别是COVID-19确诊病人生活环境中的病毒存在情况,是做好环境消毒,阻断新型冠状病毒(SARS-CoV-2)传播的重要步骤,对COVID-19防控具有重要意义。本研究旨在探讨COVID-19患者生活环境中SARS-CoV-2的存在情况,从SARS-CoV-2存在的空间部位、病毒核酸含量、消毒效果等方面对SARS-CoV-2的相关特点做出初步研究,为制定有效的SARS-CoV-2防控措施提供科学依据。本研究以COVID-19病例治疗前的3个家庭居住环境和治疗出院后隔离期间的2个宾馆居住环境中采集的样本为研究材料,采用RT-PCR方法检测样本中的SARS-CoV-2核酸并进行比较分析。结果显示,首次从3个家庭环境中采样48份,RTPCR检测SARS-CoV-2核酸阳性5份(10.42%),3个家庭的环境样本中均有阳性样本检出。首次采样48h后在家庭3进行第二次采样16份,SARS-CoV-2核酸检测阳性2份(12.5%),检测Ct值比首次升高。家庭3消毒后24h采集的16份样本SARS-CoV-2核酸检测均为阴性,并且两处宾馆环境采集的24份样本SARS-CoV-2核酸检测也均为阴性。本研究提示,COVID-19病例的生活环境中可以检出SARS-CoV-2,病毒存在区域、存在物品、病毒核酸含量均有差异;对外环境进行消毒可以达到消毒目的,能够起到阻断SARS-CoV-2传播的防控效果。

    2021年01期 v.37 5-9页 [查看摘要][在线阅读][下载 1121K]
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  • 浙江省新型冠状病毒疫情空间扩散特征及影响因子探究

    杨凯杰;乔观民;李加林;陈慧霖;辛欣;朱宇;

    2020年新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在全球200多个国家蔓延,对世界公共卫生环境、民众生命健康安全与社会经济带来了巨大影响。为了解病毒传播的时空特征及驱动因子对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)防控的重要意义,本研究基于2020年1月21日~2020年3月10日浙江省各县、市(区)的COVID-19疫情数据,按照病例数的变化情况将疫情时期分为迅速增长期、高位回落期、控制减少期和稳定期,发现省外输入病例主要确诊于迅速增长期和高位回落期,省内扩散病例主要确诊于控制减少期和稳定期。利用ArcGIS软件进行数据可视化,总结了两种病例类型在浙江省各县、市(区)分布的时空变化特征,发现浙江省新冠肺炎疫情在温州最为严重,其次是杭州、宁波和台州;并利用地理探测器方法探究了各因子的作用,发现社会经济因子和城市建设因子影响较大,自然环境因子影响较小。

    2021年01期 v.37 10-18页 [查看摘要][在线阅读][下载 1945K]
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  • 新型冠状病毒纳米PCR快速检测方法的建立

    李智杰;孙飞雁;刘占悝;魏宇;郭利;

    新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染可导致致命性肺炎,且极具传染性。自2019年年末在我国出现以来,已在全球蔓延。为了建立一种灵敏、快速检测SARS-CoV-2的分子检测方法,本研究使用金纳米颗粒配合普通PCR检测方法,针对SARS-CoV-2核衣壳蛋白建立了SARS-CoV-2 NanoPCR新型分子检测方法。特异性结果显示,该方法对猪流行性腹泻病毒、牛冠状病毒、犬冠状病毒、水貂冠状病毒、猫传染性腹膜炎病毒均无交叉反应,表明该方法的特异性良好。敏感性结果显示,该方法的最低检测量为3.69×10~4拷贝/μL,高于普通PCR最低检测量10倍,表明该方法的敏感性良好。使用建立的方法对3份临床样品进行检测,该方法与普通PCR方法结果一致,10倍稀释样品后,NanoPCR相比较普通PCR条带仍然具有较高辨识度。综上,本研究建立的灵敏、特异的NanoPCR方法可以对临床样品进行快速诊断和鉴定。

    2021年01期 v.37 19-24页 [查看摘要][在线阅读][下载 1634K]
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  • 基于毛细管电泳的快速检测七种人冠状病毒技术方法的建立

    耿合员;田锋;朱娜;孙悦;陆志;汪圣强;尹军;吴海磊;刘利;杨庆贵;孙立新;谭文杰;

    近来,一种新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引发的COVID-19突发疫情,给全球公众健康和社会经济构成严重威胁。SARS-CoV-2成为继人冠状病毒229E(Human coronavirus 229E,HCoV-229E)、人冠状病毒OC43(Human coronavirus OC43,HCoV-OC43)、严重急性呼吸综合征冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus,SARS-CoV)、人冠状病毒NL63(Human coronavirus NL63,HCoV-NL63)、人冠状病毒HKU1(Human coronavirus HKU1,HCoV-HKU1)和中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV)后第七种感染人类的冠状病毒。本研究以高分辨毛细管电泳技术为基础,针对七种人冠状病毒基因保守区分别设计特异性引物对,经常规PCR扩增后,通过具备单碱基差异分辨率的毛细管电泳分析,实现快速检测七种人冠状病毒的目标。通过构建基于毛细管电泳的人冠状病毒分子靶标,实现同时快速精准鉴定七种人冠状病毒的目的。本研究建立的人冠状病毒毛细管电泳快速检测技术方法具有极高灵敏性和精确性,分辨率高而且特异性好,操作简便成本低廉,为人冠状病毒的临床诊断、口岸快速检测等提供了新的技术支持。

    2021年01期 v.37 25-33页 [查看摘要][在线阅读][下载 2061K]
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  • 新型冠状病毒基因组G-四链体结构的初步研究

    黄保月;梁晓燕;杨帆;延福权;吕树娟;

    21世纪以来,冠状病毒频频引起危害人类健康的重要传染病,其中包括2003年严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)、2012年中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)和新型冠状病毒(SARS-CoV-2),目前对这些病毒引发的疾病并无特效的治疗药物。G-四链体(G-quadruplex,G4)是在DNA或RNA的鸟嘌呤富集区形成的非典型二级结构,可存在于人类和病毒基因组中,G-四链体的不同位置对病毒复制和感染等过程发挥重要调控作用。本研究针对七种与人类疾病相关的冠状病毒以及与SARS-CoV-2同源性较高的三种蝙蝠相关病毒,通过全基因组序列分析潜在四链体形成序列(Potential quadruplex-forming sequences,PQS),结果发现,十种病毒中均存在一定数量的PQS基序,同时对SARS-CoV-2 G-四链体存在位置及形成潜力进行评估,并分析了不同变异株间G-四链体基序的保守性。本研究对SARS-CoV-2基因组中G-四链体进行初步预测与探讨,旨在为COVID-19治疗提供一种新的药物靶点,使其更好地应用于临床研究。

    2021年01期 v.37 34-42页 [查看摘要][在线阅读][下载 1512K]
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  • 新型冠状病毒PLpro蛋白酶结构与功能的生物信息学分析

    杜倩倩;张智慧;廉政;张庆媛;薛向阳;张丽芳;蒋朋飞;

    2019年12月,由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在中国武汉暴发。SARS-CoV-2的基因组编码2种病毒蛋白酶,即木瓜样蛋白酶(Papain-like protease,PLpro)和3C样蛋白酶(3C-like protease)。其中PLpro是SARS-CoV-2复制酶复合体(RC)形成的重要调节蛋白分子,对于病毒基因组转录和复制至关重要。因此,将SARS-CoV-2 PLpro作为药物的靶点对COVID-19的治疗具有积极意义。本研究应用生物信息学工具分析新型冠状病毒的木瓜样蛋白酶的结构和功能,首先利用BLAST和BioEdit获取SARS-CoV-2 PLpro蛋白酶(SC2-PLpro)及其同源蛋白的氨基酸序列,并利用BLAST和MEGA 6.0进行同源性分析。之后,利用ProParam和Proscale分别对SC2-PLpro蛋白酶的理化性质、亲水性和疏水性进行分析。然后,通过SOMPA、ScanProsite和InterPro分别预测SC2-PLpro蛋白酶的二级结构和功能区域,进一步利用SignalP 4.0和TMHMM对SC2-PLpro蛋白酶的信号肽和跨膜区进行分析。最后,通过SWISS-MODEL对SARS-CoV-2 PLpro蛋白酶进行三级结构同源建模。结果显示,对SARS-CoV-2 PLpro蛋白酶与已报道的PLpro蛋白酶进行多序列比对后,发现SARS-CoV-2 nsp3的746~1 063段氨基酸与多种冠状病毒PLpro蛋白酶氨基酸序列高度相似。同时,同源性分析发现SARS-CoV-2与蝙蝠冠状病毒的PLpro蛋白酶具有同源性,其中与QHR63299、AVP78030相似性最高。对SC2-PLpro进行理化性质预测结果显示,其由318个氨基酸所组成,为稳定亲水性蛋白。二级结构预测结果显示SC2-PLpro主要含有α-螺旋、延伸链、β-转角、无规卷曲,四种结构贯穿整条氨基酸链。进一步进行功能分析,发现其具有完整的催化三联体、锌结合域、泛素样N末端结构域,故推测该蛋白具有去泛素化的功能。然后,信号肽假说和跨膜结构域分析结果表明,SC2-PLpro既不是分泌蛋白,也不属于跨膜蛋白。本研究提示,生物信息学分析SC2-PLpro为稳定性亲水蛋白,属于非跨膜蛋白,比较保守,具有去泛素化的功能,利用此功能可以进一步规避宿主的固有免疫反应。通过制备PLpro蛋白酶小分子抑制剂,可能有助于治疗新型冠状病毒肺炎。

    2021年01期 v.37 43-51页 [查看摘要][在线阅读][下载 2939K]
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冠状病毒专利技术研究专题论著

  • 基于专利的冠状病毒技术发展分析

    赵熠;赵旻;魏凤;周洪;

    新型冠状病毒(SARS-CoV-2)是目前已知的第7种可以感染人的冠状病毒,尚无用于预防和治疗的药物。本文以全球人类冠状病毒的技术专利为研究对象,采用专利分析和文本挖掘的方法,分析了专利的技术发展趋势和技术分布特点,梳理了关键技术的最新发展动向,以期为SARS-CoV-2检测技术、药物筛选、疫苗及抗体研发提供参考。

    2021年01期 v.37 52-63页 [查看摘要][在线阅读][下载 2015K]
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流感病毒研究论著

  • 海南省2016-2018年A(H1N1)pdm09亚型流感病毒基因特性分析

    崔蕾;王如敏;潘家兴;李丹丹;马焱;王丹;

    2009年A(H1N1)pdm09亚型流感病毒在墨西哥暴发,之后在全世界流行。为了解海南省2016-2018年A(H1N1)pdm09亚型流感病毒流行态势,分析血凝素(HA)与神经氨酸酶(NA)基因遗传进化特征与变异情况,本研究从中国流感监测信息系统获取海南省2016-2018年流感病毒病原学监测数据,选取5家流感监测网络实验室分离鉴定的37株A(H1N1)pdm09亚型流感毒株进行HA与NA基因测序,利用MEGA 10.1.8构建HA与NA基因种系进化树,并分析其氨基酸变异情况。结果显示,2016-2018年共出现3次A(H1N1)pdm09亚型流感病毒活动高峰。2017年10月份以后的分离株(4/8)与2018年大部分分离株(21/22)独立于疫苗株A/Michigan/45/2015聚为一个小支,发生20余处HA与NA氨基酸位点变异。与疫苗株A/California/7/2009(2010-2016)相比,2016-2018年流感病毒分离株在HA基因抗原决定簇上发生7处氨基酸变异并有一个潜在糖基化位点,未发现HA基因受体结合位点变异与NA基因耐药性变异。本研究提示,2016-2018年,A(H1N1)pdm09亚型流感病毒逐步发生规律性进化,氨基酸变异频率有增加趋势,今后应持续加强流感病毒病原学监测,密切追踪A(H1N1)pdm09亚型流感病毒基因变异情况,为科学防控提供理论依据。

    2021年01期 v.37 64-73页 [查看摘要][在线阅读][下载 2298K]
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  • 磷酸奥司他韦颗粒联合小儿咳喘灵颗粒治疗小儿季节性流感的临床效果分析

    熊丽丽;姬劲峰;

    季节性流感多发病于小儿人群,主要是小儿抵抗能力与免疫能力相对低下。季节性流感多发病于春冬季节,且以冬季最为显著。现阶段,临床中为了提升小儿季节性流感的治疗效果,多采用联合用药的治疗方式,效果相对显著。为探讨磷酸奥司他韦颗粒联合小儿咳喘灵颗粒在小儿季节性流感中的应用效果及价值,本研究选取2017年10月至2018年10月我院接收的78例小儿季节性流感患者,依据治疗方法的差异性,设置观察组与对照组,每组39例。对照组为单一磷酸奥司他韦颗粒治疗,观察组为磷酸奥司他韦颗粒联合小儿咳喘灵颗粒治疗。结果显示,两组治疗后症状改善时间的比较差异显著(P<0.05)。治疗后,两组患者的淋巴细胞百分比均较治疗前下降,且观察组的淋巴细胞百分比明显低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);两组不良反应发生率比较无统计意义(P>0.05);两组治疗效果具有显著性差异(P<0.05)。本研究提示,两种治疗方案在小儿季节性流感治疗中均能够降低不良反应发生率,其中联合用药治疗方案在缩短症状改善时间的作用更为显著,可提升临床治疗效果,具有突出性应用价值。

    2021年01期 v.37 74-78页 [查看摘要][在线阅读][下载 1091K]
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  • 广东及中国香港地区2016年和2017年甲型H3N2流感病毒的分子特征分析

    许智祥;李善琴;沈晨光;刘忠湫;韦金丽;毕玉海;杨扬;刘映霞;

    2017年夏季,我国广东及香港地区H3N2亚型流感病毒暴发流行,造成至少430人死亡。为揭示其流行原因,本研究对广东及中国香港地区2016和2017年夏季流行的甲型H3N2流感病毒血凝素(Hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)基因的分子遗传特征进行了分析。采集深圳市2017年夏季流感样症状患者的样本进行H3N2病毒的检测及分离鉴定。利用逆转录-聚合酶链反应(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RTPCR)扩增病毒HA、NA基因并测序,用于进一步分析;从流感病毒数据库中下载广东及中国香港地区同期流行的H3N2代表毒株进行遗传变异分析。HA基因系统进化分析显示:广东及中国香港地区2016~2017年流行的H3N2病毒与疫苗株均处于同一进化分支,其中2016年流行毒株与疫苗株的同源性(99.1%~99.4%)高于2017年流行毒株(98.3%~99.4%)。HA蛋白氨基酸分析结果显示,广东及中国香港地区2017年流行株在抗原位点A区158和160位氨基酸、受体结合区域的130-loop和220-loop、以及151位糖基化位点与疫苗株相比出现了较高比例突变,而在2016年流行毒株中没有发现。同时,这些位点在中国香港地区流行毒株中的突变频率高于广东地区流行毒株。NA蛋白氨基酸分析显示,所有毒株均未发现神经氨酸酶抑制剂耐药突变,中国香港地区2017年部分流行毒株234位和329位氨基酸糖基化位点消失(比例分别为12.6%和54.8%)。尽管2016年和2017年H3N2疫苗株为同一株病毒,但是2017年广东和中国香港地区的H3N2病毒流行毒株与2016年流行毒株以及疫苗株相比,在HA蛋白的主要抗原位点和受体结合位点均出现不同程度的变异,推测本次H3N2流感病毒暴发流行可能与这些变异相关。

    2021年01期 v.37 79-88页 [查看摘要][在线阅读][下载 2251K]
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手足口病相关病毒研究专题论著

  • 江西省2010年柯萨奇病毒A组24型变异株的全基因组序列分析

    李俊含;张勇;冀天娇;李婕;熊英;祝双利;王东艳;韩振志;肖金波;司芬芬;许文波;严冬梅;

    急性出血性结膜炎(Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)是目前人类最常见的眼病之一,柯萨奇病毒A组24型变异株(Coxsackievirus A24 variant,CV-A24v)是近年来报道引起该病的主要病原体。本研究选取10株来自江西省2010年AHC暴发疫情的CV-A24v,采用特异性引物扩增并测定其全基因组序列。对该10条CV-A24v的全基因组序列进行系统发育分析以及重组分析,计算本研究测定的江西10条以及GenBank中所有22条CV-A24v的全基因组序列的氨基酸置换熵值,并预测其正向选择位点。结果表明,在江西10条CV-A24v基因组序列中未检测到重组。基于全基因组序列构建的最大似然树表明江西10株CV-A24v属于GIV基因型,且分处于两条传播链。对上述32条CV-A24v序列的氨基酸置换熵值计算,共得到25个易突变位点(熵值>0.6),易突变概率最高的区段为2A区。基于Datamonkey中FUBAR和FEL模型分析,发现位于结构蛋白VP2区的234位氨基酸为两种模型共同获得的CV-A24v的正向选择位点。本研究分析了江西10株CV-A24v的全基因组序列特征,为CV-A24v引起的AHC防控工作提供了基础资料。

    2021年01期 v.37 89-96页 [查看摘要][在线阅读][下载 1962K]
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  • 天津市致病毒性脑炎柯萨奇病毒B组5型全基因组序列分析

    谭昭麟;吕莉琨;李力;邹明;骆晓燕;李晓燕;

    肠道病毒是我国病毒性脑炎(Viral encephalitis,VE)的主要病原体。本文研究对4株引起VE的天津柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus B5,CV-B5)分离株进行Illumina MiniSeq高通量测序,并对其全基因组特征、进化及重组特点进行分析。结果提示,4株CV-B5天津分离株的全基因组核苷酸和氨基酸序列同源性分别为84.5%~100.0%和98.1%~100.0%,与国内流行株的全基因组核苷酸序列同源性为83.2%~96.5%,氨基酸序列同源性为96.4%~99.4%。基于全基因组的系统进化分析将CV-B5流行株分为A-D四个基因型,其中天津与国内流行株均属于C基因型。C基因型进一步分为3个进化分支,而天津分离株处在两个不同的分支上。基于基因组各区段序列的系统进化与SimPlot重组分析结果显示,天津分离株15-39N、15-41N与埃可病毒30型(Echovirus 30,E-30)原型株在P3区3B、3C、3D区域均检测到重组信号。本研究有助于了解CV-B5的全基因组特点和重组规律,为相关疾病的防控提供依据。

    2021年01期 v.37 97-105页 [查看摘要][在线阅读][下载 3237K]
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  • 柯萨奇病毒B5的VP1区域基因特征分析及蛋白二级结构预测

    饶清;龙淑英;何文姬;蒋鸿超;孙强明;张桢;

    柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus B5,CVB5)感染人体后可引起一系列疾病,包括上呼吸道感染、腹泻、手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)、病毒性脑炎、无菌性脑膜炎、胰腺炎、弛缓性麻痹、扩张性心肌炎以及糖尿病等症状。为了解云南省手足口病和疱疹性咽峡炎患者中CVB5的分子特征,本研究从2018-2019年昆明市儿童医院收集的HFMD和疱疹性咽峡炎(Herpangina,HA)患者粪便中分离得到9株CVB5,基于CVB5的VP1区的系统进化树以及蛋白二级结构的预测来分析分离株的基因序列特征以及与CVB5原型株Faulkner之间的差异,并对CVB5的分子流行病学特征进行分析。结果显示,2018-2019年分离株均属于E基因簇,与Faulkner株相比,所有分离株的VP1区域的氨基酸出现共同的10个氨基酸突变且增加了1个蛋白连接位点。本研究初步探索了肠道病毒CVB5进化过程中突变导致患者症状的差异以及揭示CVB5的全球流行趋势。

    2021年01期 v.37 106-114页 [查看摘要][在线阅读][下载 3598K]
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  • 2013-2019年全国手足口病ECHO-9的分子流行病学研究

    司芬芬;卫海燕;关路媛;冀天娇;王东艳;张勇;祝双利;宋洋;韩振志;李俊含;许文波;严冬梅;

    埃可病毒9型(Echovirus 9,ECHO-9)是引起无菌性脑膜炎(Aseptic meningitis,AM)和手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)暴发流行的重要病原体,但目前全球关于ECHO-9分子流行病学研究仍比较匮乏,ECHO-9基于VP1全长的基因分型结果尚未明确。本研究依托国家HFMD监测网络,2013-2019年在中国大陆共分离到15株ECHO-9毒株,对其进行VP1区全长序列测定和分析,并与GenBank中下载的全部112条ECHO-9VP1区全长序列共同构建系统发育进化树。结果显示,全球ECHO-9分为A-G七个基因型,其中C、D和F基因型可被进一步划分为C1-C2,D1-D4和F1-F2基因亚型。各洲之间优势基因型别有显著差异,亚洲和欧洲分别以D和C基因型为绝对优势基因型。中国大陆ECHO-9优势基因型别为D基因型,但其优势基因亚型随时间推移有明显转变。2000-2005年,中国大陆ECHO-9全部为D1基因亚型,2006年开始出现D1、D2和D3基因亚型的共同流行,2010年后D1和D2基因亚型消失,D3成为中国大陆绝对优势基因型别。本研究测定的15株ECHO-9分离自2013-2019年,其中14株属于D3基因亚型,1株江西ECHO-9为C2基因亚型,推测其可能来源于境外。本研究建立了全球ECHO-9基于VP1全长的基因分型方法,揭示了ECHO-9在全国及全球范围的分子流行特征。

    2021年01期 v.37 115-122页 [查看摘要][在线阅读][下载 1735K]
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  • 我国四株埃可病毒6型全基因组序列及重组特征分析

    程文隽;蔡茹;冀天娇;陈雨;马江涛;单军;于秋丽;张勇;严冬梅;杨倩;宋洋;路环环;张珂艺;许文波;

    埃可病毒6型(Echovirus 6,ECHO6)作为肠道病毒B组(Enterovirus B,EV-B)的一员,在临床上常导致无菌性脑膜炎(Aseptic meningitis,AM)、急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)、手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)等多种疾病。本文挑选四株中国大陆地区不同年份、地区及疾病严重程度的代表毒株进行全基因组测定分析,与GenBank上ECHO6全长代表株及EV-B组原型株比对分析,了解其进化特征,并筛选BLAST结果的EV-B组流行株,探究我国流行的ECHO6与其他血清型的基因重组特征。结果提示,本研究四株ECHO6毒株在非结构蛋白区与EV-B其他血清型均发生重组,其中死亡病例标本重组模式更为复杂,可能与疾病严重程度有关。通过本研究分析,可进一步揭示ECHO6的遗传特征,为肠道病毒血清型研究提供基础数据,对了解其进化变异及临床致病力影响具有重要意义。

    2021年01期 v.37 123-132页 [查看摘要][在线阅读][下载 4716K]
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  • 引起一起暴发性急性胃肠炎疫情的埃可病毒18型VP1基因特征分析

    周健明;谢显清;方苓;金玉娟;曾汉日;李静媚;刘凤仁;李彩霞;李晖;刘渠;张勇;郑焕英;

    埃可病毒18型(Echovirus 18,E18)属于B组肠道病毒(Enterovirus B,EV-B),是引起病毒性脑膜炎的重要病原体。对2019年4月广东省深圳市龙岗区一起急性胃肠炎疫情进行病原学鉴定及病原基因特征分析。此次疫情共有26名患者,均以发热、呕吐、腹泻、腹痛为主要症状。从其中18名病例采集了18份肛拭子标本,采用实时荧光RT-PCR、病毒分离(RD细胞)和半巢式聚合酶链反应法以鉴定病原,扩增病毒全长VP1区,测序并进行系统进化分析。结果显示,18份标本中11份肠道病毒核酸阳性,其中8份为E18。病毒分离得到2株病毒,从肛拭子标本直接扩增得到的7条E18全长VP1核苷酸序列,核苷酸相似性为100%,与GenBank中E18参考株的核苷酸及氨基酸同源性分别为79.2%~96.4%和93.3%~99.3%;进化树显示,深圳龙岗E18分离株(GDSZ1902)归属由中国分离株组成的C2a进化分支,在其VP1蛋白中的底部环处发现一处特异的氨基酸变异(D200N)。从流行病学和病原学结果分析,E18是引起本次深圳市龙岗区急性胃肠炎疫情的主要病原,属于中国E18主要流行株的进化分支,这是我国首次发现E18引起急性胃肠炎疫情的报道。

    2021年01期 v.37 133-139页 [查看摘要][在线阅读][下载 2420K]
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  • 云南省4株埃可病毒11型VP1基因特征分析

    周晓芳;寸建萍;姜黎黎;徐闻;伏晓庆;向以斌;

    埃可病毒11型(Echovirus 11,ECHO11)属于肠道病毒B组,是最常见的人类肠道病毒(Human enterovirus,HEV)之一,常引起儿童无菌性脑膜炎、脑炎和急性迟缓性麻痹等疾病。为了对云南省手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)监测中分离到的4株ECHO11毒株的VP1基因进行序列分析,并为云南地区ECHO11的进化及流行趋势等研究提供基础数据,本研究对收集到的HFMD病例标本进行病毒分离培养和鉴定,对鉴定为ECHO11的毒株VP1基因测定其完整序列,与GenBank上其他参考株的VP1区序列构建遗传进化树进行基因分析。结果显示,4株ECHO11型毒株分属A1和D5两个基因亚型,分别与各自基因亚型参考株的同源性为最高。D5基因亚型ECHO11分离株在进化树上聚集为3簇,提示存在多个传播链,其D5-1簇的VP1区氨基酸在多个位点上与同基因亚型的其他簇参考株存在特异突变。本研究揭示,云南地区存在两种不同基因亚型的ECHO11流行情况,特别是D5亚型的出现,提示我国周边流行的ECHO11基因型已进入中国大陆,应密切关注其流行变异情况,为今后制定由ECHO11引起的HFMD的公共卫生策略提供依据。

    2021年01期 v.37 140-145页 [查看摘要][在线阅读][下载 1612K]
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人类病毒研究论著

  • 人乳头瘤病毒16E6基因通过增加HMGB1表达调节口腔癌CAL27细胞侵袭的实验研究

    杜瑞;尼娜;钱景;叶静;毛彬斐;梁伟腾;

    人乳头瘤病毒16型(Human papillomavirus type 16,HPV16)感染与口腔癌、宫颈癌的发病有关,HPV16 E6基因编码的蛋白是重要的癌蛋白,已经被证实能够通过增加高迁移率族蛋白B1(High mobility group box-B1,HMGB1)表达来促进宫颈癌细胞的侵袭,但是否能调控口腔癌细胞的侵袭仍未明确。为研究HPV16 E6基因通过增加HMGB1表达调节口腔癌CAL27细胞侵袭的作用,口腔癌CAL27细胞被分为对照组、空白质粒组、HPV16 E6质粒组、NC-si RNA组(短片断干扰RNA阴性对照组)、NC-si RNA+HPV16 E6质粒组、HMGB1-si RNA+HPV16E6质粒组,检测细胞中HPV16 E6及HMGB1的表达、细胞的侵袭数目、培养基中HMGB1的含量。结果显示,HPV16 E6质粒组细胞中HPV16 E6及HMGB1的表达量、培养基中HMBG1的含量、细胞的侵袭数目均高于对照组及空白质粒组(P<0.05);HMGB1-si RNA组细胞中HMGB1的表达量明显低于对照组及NC-si RNA组(P<0.05);NC-si RNA+HPV16 E6质粒组的细胞侵袭数目均明显高于NC-si RNA组(P<0.05),HMGB1-si RNA+HPV16 E6质粒组的细胞侵袭数目均明显低于NC-si RNA+HPV16 E6质粒组(P<0.05)。本研究提示,HPV16 E6基因能够促进口腔癌CAL27细胞的侵袭且这一作用与增加HMGB1表达有关。

    2021年01期 v.37 146-152页 [查看摘要][在线阅读][下载 1822K]
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  • HIV/HCV共感染者抗逆转录病毒治疗后免疫恢复情况

    马宁;赵砚;康续;潘珊;

    由于具有相同的传播途径,人类免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus,HIV)和丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)共感染非常普遍,但是关于合并感染的程度,两种病毒之间的相互关系,在艾滋病抗逆转录病毒治疗(Antiretroviral therapy,ART)前后,HCV合并感染对HIV患者免疫细胞恢复的影响仍不明确。为了通过分析CD4~+和CD8~+T淋巴细胞数的变化,以了解辽宁省HIV/HCV共感染者ART后免疫恢复的情况,本研究从辽宁省艾滋病抗病毒治疗数据库中筛选符合要求的HIV感染者和HIV/HCV共感染者,收集感染者基本人口学资料及HCV抗体检测结果、HIV/HCV共感染途径等资料。采用t检验或卡方检验进行组间比较,采用Kaplan-Meier乘积极限法绘制生存分析函数图。结果显示,本研究共纳入HIV感染者12 742人,HIV/HCV共感染者340人。HIV感染者和HIV/HCV共感染者的不同人口学特征均差异显著(P<0.001)。HIV感染和HIV/HCV共感染者ART治疗后CD4~+细胞数和CD4~+/CD8~+比值显著升高(P<0.05),CD8~+细胞数比ART前显著下降(P<0.05)。HIV/HCV共感染者随着ART时长,CD4~+T淋巴细胞数恢复情况始终显著低于HIV感染者(P<0.05)。生存分析曲线表明,HCV/HIV共感染者从艾滋病诊断开始随着ART的治疗CD4~+细胞恢复情况显著低于HIV感染者,Log-Rank检验统计量为4.483(P=0.034)。本研究揭示,HCV感染对ART患者CD4~+和CD8~+T淋巴细胞的恢复有影响。ART后HIV/HCV共感染者中CD4~+T淋巴细胞计数的改善低于HIV单一感染者,并且单一感染患者对ART的反应比合并感染患者更好。因此,建议在启动ART之前,对每个感染HIV的患者进行HCV抗体筛查。

    2021年01期 v.37 153-158页 [查看摘要][在线阅读][下载 1341K]
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动物病毒研究论著

  • 含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶(caspase-1)对猪伪狂犬病毒复制的影响

    马英先;常雯茹;张爽;翟云云;李佳佳;曾磊;李国利;明胜利;万博;杜永坤;

    猪伪狂犬病是伪狂犬病毒(Pseudorabies virus,PRV)感染引起的一种烈性接触性传染病,其感染宿主会触发机体先天免疫应答,引起I型干扰素(Type I interferon,IFN-1)和炎性细胞因子等细胞因子的产生,为研究可诱导产生炎性细胞因子的含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶(Cysteinyl aspartate specific proteinase 1,caspase-1)的基因敲除对PRV复制的影响,本试验利用近年来发展迅速的一项规律性短重复回文序列簇/Cas9核酸酶(Clustered regulatory interspaced short palindromic repeat/CRISPR associated system 9,CRISPR/Cas9)基因定点修饰技术构建猪肾上皮细胞(Porcine kidney epithelial cells,PK15)caspase-1基因稳定敲除细胞系,并通过T7核酸酶检测敲除效率;细胞毒性(Cell counting kit-8,CCK-8)试剂盒检测PK15敲除caspase-1增殖影响;采用流式细胞术检测PRV-GFP感染PK15以及PK15-caspase-1~(-/-)的增殖差异;实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR,RT-PCR)检测PRV-gB、TK及白细胞介素1β(Interleukin-1β,IL-1β)、IFN-β、干扰素刺激基因(Interferon-stimulated genes 20,ISG20)mRNA的表达;Western Blot检测PRV-gB蛋白表达;滴度测定检测子代病毒滴度。结果表明,2对特异性单链引导RNA(Single guide RNA,sgRNA)均能对caspase-1进行基因编辑,但经T7核酸酶酶切进行基因编辑效率分析结果表明sgRNA2的基因编辑效率较高;CCK-8试剂盒检测细胞活力结果表明caspase-1基因敲除对PK15以及PK15-caspase-1~(-/-)细胞活力无影响(P>0.05);流式细胞仪检测结果表明PRV-GFP在PK15-caspase-1~(-/-)中的增殖显著低于PK15细胞(P<0.05);定量RT-PCR结果表明PRV-gB、TK基因在PK15-caspase-1~(-/-)的mRNA表达显著低于PK15细胞(gB:P<0.05,TK:P<0.05),而IFN-β、ISG20基因在PK15-caspase-1~(-/-)的mRNA表达显著高于PK15细胞(gB:P<0.05,TK:P<0.05);Western Blot结果表明,PRV的gB蛋白在PK15-caspase-1~(-/-)的表达显著低于PK15细胞(P<0.05);滴度测定结果表明,敲除caspase-1能够抑制PRV子代病毒的增殖。以上结果均表明caspase-1基因敲除可抑制PRV在PK15细胞中复制。

    2021年01期 v.37 159-168页 [查看摘要][在线阅读][下载 1977K]
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植物病毒研究论著

  • 3种菊花病毒/类病毒实时荧光定量RT-PCR检测体系的构建与准确性评价

    姜自红;殷培峰;

    菊花容易受到病毒感染而造成品质下降,目前国内对菊花病毒的检测主要根据外观表现或者定性PCR检测,无法准确判定病毒载量。为构建一种可同时用于检测菊花B病毒(Chrysanthemum virus B,CVB)、番茄不孕病毒(Tomato aspermy virus,TAV)和菊花褪绿斑驳类病毒(Chrysanthemum chloritic mottle viroid,CChMVd)的实时荧光定量RT-PCR检测方法,本研究分别以保守区域作为靶标设计相应的引物探针,通过优化扩增体系中CVB、TAV、CChMVd 3种病毒/类病毒探针浓度、引物浓度、Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度,摸索扩增程序中反转录时间、退火温度和扩增循环数,构建了一种可同时用于CVB、TAV、CChMVd的3重实时荧光定量RT-PCR检测体系,优化后的扩扩增体系中CVB、TAV和CChMVd的探针浓度分别为100 nmol/L、120 nmol/L和80 nmol/L,引物浓度分别为200 nmol/L、240 nmol/L和160 nmol/L,Mg~(2+)浓度为3.0 mmol/L;dNTPs浓度200μmol/L;最适反转录时间为25 min,退火温度为60℃,循环数为40。敏感性实验结果表明,该反应体系对3种病毒/类病毒的敏感性为1.0×10~3拷贝/mL,敏感性好;定量线性范围为1.0×10~3拷贝/mL~1.0×10~(10)拷贝/mL,线性范围宽;特异性好,对菊花矮化类病毒、烟草花叶病毒和黄瓜花叶病毒核酸检测结果为阴性;对1.0×10~4拷贝/mL的低浓度参考品平行检测10次,定量结果lg值偏差(CV%)为4.81%,重复性好。在南京农业大学"中国菊花种质资源保存中心"基地随机选择菊花20株进行本研究试剂检测,检出6例CVB病毒株和4例TAV病毒株,其病毒载量为2.5×10~4拷贝/mL~5.5×10~7拷贝/mL,随机选择1株CVB病毒株定量PCR,产物进行TA克隆后经测序与NCBI Blast比对,其与MH678704.1的同源性为100%。因此,本研究建立了一种能同时检测CVB、TAV、CChMVd 3种菊花常见病毒/类病毒的灵敏、快速、可定量的检测方法。

    2021年01期 v.37 169-180页 [查看摘要][在线阅读][下载 3423K]
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新型冠状病毒研究专题综述

  • 新型冠状病毒基因组序列的网络平台与基因分型

    宋洋;许文波;

    新型冠状病毒(SARS-CoV-2)是引起2019新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的病原体,目前COVID-19仍在世界范围内大规模流行。随着学者对SARS-CoV-2研究的不断深入,以及各大数据库的序列资源共享,一些学者开发了SARS-CoV-2相关序列分析网络在线平台,并发表了对SARS-CoV-2基因分型、命名的规则。"GISAID"是目前SARS-CoV-2基因组序列共享和储存最大的数据库,"Nextstrain"和"CoV-GLUE"是国际最常用的SARS-CoV-2序列分析平台。目前有四种比较通用的SARS-CoV-2的基因分型方法,在本文中分别简称为:"中国分型法"、"Pangolin分型法"、"GISAID分型法"和"Nextstrain分型法"。这四种分型方法的定义不尽相同,但又有相似之处。本综述对目前SARS-CoV-2在线分析网络平台和不同的基因分型方法进行了较为系统的介绍、对比和总结。

    2021年01期 v.37 181-190页 [查看摘要][在线阅读][下载 2246K]
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  • 用于新型冠状病毒检测的核酸等温扩增技术研究进展

    李博;邹秉杰;马雪萍;武海萍;张晏洁;周国华;

    核酸检测作为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)筛查诊断和病情监测的主要手段,在疫情防控中发挥了重要作用。虽然实时荧光定量PCR被认为是新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测的金标准,但其依赖荧光定量PCR仪且扩增检测时间较长,难以实现现场快速检测。因此许多基于核酸等温扩增的SARS-CoV-2检测方法相继诞生。等温扩增对仪器温控要求不高,通过与微流控芯片和可视化检测技术结合,可进一步简化操作、降低成本,为SARS-CoV-2现场快速筛查提供有力的技术支撑。本文围绕已报道的SARS-CoV-2等温扩增检测方法原理、检测性能及优缺点进行探讨,为进一步发展SARS-CoV-2现场快速检测平台提供参考。

    2021年01期 v.37 191-200页 [查看摘要][在线阅读][下载 1605K]
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  • 新型冠状病毒肺炎的治疗进展

    张君国;杨波;高天敏;

    2019年12月在湖北武汉出现不明原因肺炎,随后在国内和全球引起传播。目前,全球已有200多个国家出现感染病例,WHO将新型冠状病毒(简称为"新冠")引起的疫情暴发定义为全球大流行,严重危害人类的生命健康。我国经过前期的精准施策、科学防治,我国疫情已得到良好控制,取得了阶段性的胜利。在新冠肺炎患者的治疗中,通过对治疗方法的探索和实践,全国90%以上患者达到出院标准,在新冠肺炎的治疗中积累了宝贵的经验。本文就新冠肺炎的治疗作一综述,以期为新冠肺炎救治提供参考。

    2021年01期 v.37 201-210页 [查看摘要][在线阅读][下载 1412K]
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  • SARS-CoV-2与SARS-CoV:病原学、流行病学、临床与病理

    杨逸成;肖志强;叶凯雁;郎欣月;蔡雯念;肖维威;赵卫;

    2019年12月在武汉暴发了由SARS-CoV-2感染引起的新型冠状病毒肺炎(Coronavirus disease 2019,COVID-19),并迅速扩散至全国。SARS-CoV-2和SARS冠状病毒(SARS-CoV)都属于套式病毒目、冠状病毒科、冠状病毒属中的SARS相关冠状病毒种,本文总结了两者在来源、病毒结构、流行病学、临床表现和病理学特征等方面的差异,以期更全面认识SARS-CoV和SARS-CoV-2,为COVID-19的防治研究提供帮助。

    2021年01期 v.37 211-218页 [查看摘要][在线阅读][下载 2118K]
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综述

  • 基于调控趋化性细胞因子受体CCR5抗HIV-1的研究进展

    郑文锦;冯龙;李志慧;

    获得性免疫缺陷综合征(AIDS),又称"艾滋病",是威胁着人类生命健康的重大传染性疾病。趋化性细胞因子受体5(Chemotactic cytokine receptor 5,CCR5)作为嗜巨噬细胞性1型人类免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)进入宿主细胞的必需的辅助受体自发现以来被广泛关注。CCR5在HIV靶细胞表面的表达水平与靶细胞的病毒载量呈正相关且和艾滋病的进程强相关。因此,通过干预CCR5在靶细胞表面的表达能在一定程度上阻止HIV进入靶细胞。因此,本文从分子水平阐述干预CCR5的主要生物学机制,并对近几年的研究进行综述。

    2021年01期 v.37 219-225页 [查看摘要][在线阅读][下载 1239K]
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  • 犬流感病毒起源进化和宿主适应性机制研究进展

    李雪云;陈永坤;范颖;朱闻斐;舒跃龙;

    甲型流感病毒的跨宿主传播一直是流感病毒研究的主要方向之一。犬作为人类主要的伴侣动物,其呼吸道组织也同时具有α-2,3禽流感病毒受体和α-2,6人流感病毒受体,是潜在的产生新型重配流感病毒的"基因混合器",在流感病毒的流行和跨宿主传播中扮演着重要角色。近年来,犬流感病毒已经在东南亚和美国等国家地区呈地区性流行,而且从犬中分离到了犬流感病毒与人流感病毒的重配株,因此犬流感病毒对公共卫生健康的潜在威胁不容忽视。本文将对犬流感病毒的流行、起源进化以及宿主适应性和致病性相关的分子机制进行综述,旨在为犬流感的防控和甲型流感病毒跨宿主传播研究提供参考。

    2021年01期 v.37 226-233页 [查看摘要][在线阅读][下载 1323K]
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  • 抗原检测在戊型肝炎临床诊断中的应用

    陈子豪;唐自闽;郑子峥;夏宁邵;

    戊型肝炎(Hepatitis E,HE)是由戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)引起的病毒性肝炎,已经成为全球范围内的公共卫生问题,在临床人群中进行HE的诊断对于疾病传播的预防与控制具有重要的公共卫生意义,对于疾病的治疗具有重要的指导意义。本文对HEV抗原新指标的建立和发展进行综述,同时将其与现有指标进行比较,对其应用前景和优化方向提出展望。

    2021年01期 v.37 234-242页 [查看摘要][在线阅读][下载 1506K]
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  • 寨卡病毒,不仅仅是小头畸形

    王培刚;高娜;范东瀛;安静;

    寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)属于黄病毒科黄病毒属,由蚊虫叮咬传播。ZIKV发现于1947年。2007年以来,由于基因突变,ZIKV获得了更强的神经嗜性和在蚊虫体内播散的能力,因而在全球加快流行,并与成人吉兰-巴雷综合征和胎儿小头畸形的发生密切相关。最近的临床观察和动物研究进一步表明,ZIKV感染引起的临床症状复杂多样,所造成的疾病不仅仅是小头畸形,它还能够损伤雄性生殖系统,干扰下丘脑对神经内分泌系统的调节,引起多种激素分泌缺陷,导致生长发育迟缓和学习记忆能力损伤。因此,对于先天感染ZIKV的新生儿,不仅要在孕期监测小头畸形的发生,出生后也需进行长期的跟踪观察;对于出生后感染ZIKV的婴幼儿以及学龄前儿童,无论病情轻重,也需要进行随访,以明确ZIKV感染的远期影响。

    2021年01期 v.37 243-251页 [查看摘要][在线阅读][下载 1405K]
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  • 关于脑心肌炎病毒2A蛋白的研究进展

    韩若婵;梁瑞英;杨增岐;崔尚金;

    脑心肌炎病毒(Encephalomyocarditis virus,EMCV)是一种无囊膜的单股RNA病毒,属于小RNA病毒科,能够引起多种哺乳动物乃至人的感染。其非结构蛋白2A是重要的毒力因子,能够通过阻断翻译起始复合物的形成、结合翻译起始复合物因子及核糖体40s小亚基等方式竞争性地抑制宿主细胞蛋白的合成,还可通过抑制宿主细胞凋亡促进病毒扩散,并通过激活NF-κB引起宿主发生强烈的炎症反应[1]。此外,根据EMCV 2A蛋白的生物学特性,近年来,细胞生物学、病毒学领域均将其作为真核细胞与病毒互作的生物学工具展开了深入研究。

    2021年01期 v.37 252-258页 [查看摘要][在线阅读][下载 1316K]
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信息

  • 《中文核心期刊要目总览》入编通知

    <正>《病毒学报》主编:我们谨此郑重通知:依据文献计量学的原理和方法,经研究人员对相关文献的检索、统计和分析,以及学科专家评审,贵刊《病毒学报》入编《中文核心期刊要目总览》2017年版(即第8版之"基础医学"类的核心期刊。该书由北京大学出版社出版。书中按《中国图书馆分类法》的)学科体系,列出了78个学科的核心期刊表,并逐一对核心期刊进行了著录。

    2021年01期 v.37 259页 [查看摘要][在线阅读][下载 1598K]
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  • 2021年中国微生物学会及各专业委员会学术活动计划表

    <正>~~

    2021年01期 v.37 263-264页 [查看摘要][在线阅读][下载 518K]
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  • 《病毒学报》征稿简则

    <正>(2018年12月25日修订)《病毒学报》是病毒学专业学术刊物,创刊于1985年,国际标准刊号:ISSN1000-8721,国内统一刊号:CN 11-1865/R,国内邮发代号:82-227,国外发行代号:BM6448。主管单位是中国科学技术协会,主办单位是中国微生物学会,承办单位是中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所。《病毒学报》是中国精品科技期刊;中国科技核心期刊;北京大学基础医学核心期刊(中文期刊要目总览);

    2021年01期 v.37 265页 [查看摘要][在线阅读][下载 306K]
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