病毒学报

2021, v.37(03) 527-533

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丽水市早期新冠肺炎无症状感染者SARS-CoV-2全基因组序列分析
Whole-genome Sequencing of SARS-CoV-2 from An Asymptomatic Patient with COVID-19 in Lishui,China

王晓光;胡志勇;叶碧峰;叶灵;李羽敏;季巧英;

摘要(Abstract):

对1例新型冠状病毒肺炎疫情流行早期的无症状感染者临床标本进行SARS-CoV-2实验室鉴定和全基因组测定,在分子水平了解新型病毒的基因特点和变异情况,追溯病毒潜在来源。实时荧光定量PCR扩增丽水市庆元县首例确诊患者密切接触者的痰液标本SARS-CoV-2核酸,阳性RNA逆转录为cDNA构建文库后进行基于NGS的宏基因组深度测序,生物学软件分析处理数据。该密接无任何症状及体征,痰液标本SARS-CoV-2核酸阳性。测序数据包含有足够的病毒序列,组装成功后hCoV-19/Lishui/LS556/2020长29 887bp,G+C含量37.99%,在ORF1ab和N区域发现4个SNP,对应1个错义突变和3个同义突变。LS556与SARS-CoV-2参考序列核苷酸/氨基酸同源性在99.2%/97.4%以上,不同序列之间存在4~17个核苷酸差异,与蝙蝠病毒RaTG13核苷酸差异仅3.7%,存在1 141个SNP,与穿山甲病毒Guangdong/1相似性90.9%。LS556属于β冠状病毒Lineage B谱系,与LS003和ZJU-06共享完全相同的病毒,与蝙蝠/穿山甲冠状病毒进化上最相关。结合流行病学、核酸诊断、病毒溯源判定其为无症状感染者。LS556组成和结构符合SARS-CoV-2典型的基因特征,为高覆盖率序列,在流行早期与其他SARS-CoV-2基因组具有高度的同一性,突变率保持在较低水平,多数导致氨基酸位点保守置换。

关键词(KeyWords): 新型冠状病毒肺炎;无症状感染者;新型冠状病毒;全基因组;进化分析

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 丽水市新型冠状病毒肺炎疫情防控科技攻关专项(2020KJGG06)~~

作者(Author): 王晓光;胡志勇;叶碧峰;叶灵;李羽敏;季巧英;

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DOI: 10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003920

参考文献(References):

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