病毒学报

2021, v.37(06) 1385-1393

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2018-2019年福州腹泻住院儿童A组轮状病毒全基因组分析
Whole-genome Analysis of Group a Rotavirus Circulating Among Children with Acute Diarrhea in Fuzhou,China,in 2018-2019

黄枝妙;吴冰珊;林琦;林卫东;翁育伟;

摘要(Abstract):

了解2018-2019年福州市五岁以下腹泻住院儿童标本中A组轮状病毒(RVA)基因组特征。通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)对49份RVA阳性标本进行核酸扩增,对扩增到的40份标本进行全基因组二代测序,获得G1P[8]型RVA毒株7株,G9P[8]型RVA毒株33株。根据VP7节段分型,40株RVA毒株中有30株G9-Ⅵ亚型、3株G9-Ⅲ亚型和7株G1-Ⅰ亚型;根据VP4节段分型,40株RVA毒株均属于P[8]-3亚型。全基因组核苷酸序列分析表明,除了VP7节段外,序列差异比较大的有NSP4和NSP1两个节段。本研究获得11株G9P[8]型Wa-like株(G9-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1),22株NSP4节段重配的G9P[8]-E2株(G9-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E2-H1),在测序的33株G9P[8]型RVA毒株中G9P[8]-E2重配株占66.7%。7株G1P[8]型RVA毒株均为Wa-like株。研究结果表明,2018-2019年福州地区流行的RVA毒株中G9P[8]-E2重配株已经成为优势株,为了更全面了解福州地区RVA毒株的遗传变异情况,后续还需加大标本量持续进行监测。

关键词(KeyWords): A组轮状病毒;基因重配;二代测序;G/P分型

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家科技重大专项项目(项目号:2017ZX10104001);; 福建省科技创新平台建设项目(项目号:2019Y2001)~~

作者(Author): 黄枝妙;吴冰珊;林琦;林卫东;翁育伟;

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DOI: 10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003878

参考文献(References):

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