病毒学报

2021, v.37(03) 515-526

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2021年2月深圳市六株境外输入的SARS-CoV-2基因组特征分析
Genome Characterization of Six Imported SARS-CoV-2 Strains in Shenzhen,China,February 2021

陈龙;房师松;梅树江;冯铁建;邹旋;彭博;孟君;孙颖;吕子全;许文波;赵翔;魏欣仪;李诗敏;朱灿;卢清菊;肖晓亮;夏俊杰;张仁利;何雅青;

摘要(Abstract):

为了解深圳境外输入的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的遗传特征,本研究对2021年2月六株境外输入的SARS-CoV-2毒株进行了高通量测序与基因组序列分析。测序获得的六株SARS-CoV-2毒株基因组长度分别为29 450 nt、28 936 nt、28 875 nt、29 855 nt、29 146 nt和29 528 nt。根据"Pango lineages"分型法,三个来自肯尼亚、南非和柬埔寨的毒株属于B.1.1.7系(VOC-202012/01),一个来自美国的毒株属于B.1.2系(美国谱系),两个来自南非和肯尼亚的毒株属于B.1.351系(20H/501Y.V2)。与武汉毒株Wuhan-Hu-1(NC_045512.2)比较,B.1.1.7系毒株的刺突蛋白(S)中发现了多达10个氨基酸的变异,B.1.2系毒株的S蛋白仅发现一个氨基酸的变异,B.1.351系毒株的S蛋白中发现了多达11个氨基酸的变异。来自柬埔寨的一株B.1.1.7系毒株的S蛋白中发现了三个变异(H69S,V70I与Y144V)与另外两个B.1.1.7系毒株中的变异(H69del,V70del与Y144del)不同。六个毒株在ORF1b上都表现出了P314L的变异,在S蛋白上都表现出了D614G的变异。2021年2月深圳输入了传染性更强的B.1.1.7英国变异株和B.1.351南非变异株。境外输入的SARS-CoV-2变异株存在引起本地暴发与流行的风险,需持续对境外输入的SARS-CoV-2毒株进行分子监测。

关键词(KeyWords): SARS-CoV-2;B.1.1.7变异株;B.1.351变异株;境外输入;基因组测序

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 深圳市科技创新委员会新型冠状病毒肺炎疫情专项(项目号:JSGG20200207161926465),题目:2019-nCoV主要传播途径及其病毒在人体不用样本中的排毒规律研究;深圳市科技创新委员会技术攻关重点项目(项目号:JSGG20200225152648408),题目:基于SARS-CoV-2冠状病毒表面Spike蛋白的早期快检技术研发;深圳市科技创新委员会技术攻关面上项目(项目号:JSGG20191129144225464),题目:重20200162基于宏病毒组技术的快速诊断技术研发;; 广东省自然科学基金面上项目(项目号:2019A1515010394),题目:E3泛素连接酶RNF86负向调控EV71感染手足口病固有免疫反应的机制研究~~

作者(Author): 陈龙;房师松;梅树江;冯铁建;邹旋;彭博;孟君;孙颖;吕子全;许文波;赵翔;魏欣仪;李诗敏;朱灿;卢清菊;肖晓亮;夏俊杰;张仁利;何雅青;

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DOI: 10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003977

参考文献(References):

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