姚雪;谢彬;韦庆娟;王敏;宗帅;胡弢;高蕾;邢薇佳;王建醒;李娟;

• 1:山东第一医科大学(山东省医学科学院)山东省高等学校新发传染病病因流行病学实验室
• 2:山东第一医科大学(山东省医学科学院)临床与基础医学院(基础医学研究所)病原生物学系
• 3:泰安市妇幼保健院
• 4:济南市儿童医院

摘要(Abstract)：

近年来，引起手足口病的多种柯萨奇病毒逐渐引起人们的关注。为探索柯萨奇病毒进化和变异的潜在机制，本文以柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12五种型别病毒的全基因组RNA为研究对象，针对编码结构蛋白的P1区和编码非结构蛋白的P2-P3区基因，分别计算五种型别柯萨奇病毒的核苷酸和氨基酸遗传距离、相对同义密码子使用度（Relative synonymous codon usage,RSCU）、有效密码子数（Effective number of codon,ENC），并进行中性进化分析以及对应分析。结果表明，五种型别柯萨奇病毒的密码子使用均存在多样性，偏倚较弱；与G/C相比，它们的密码子第三位更偏向于使用A/U。ENC-plot分析表明，五种型别柯萨奇病毒P1区受到的突变压力作用均强于P2-P3区。然而，中性进化和对应分析的结果提示，突变压力对这些病毒密码子偏倚的形成仅起着较小的作用，而自然选择在病毒的进化过程中起着更重要的作用。本研究基于密码子水平的生物信息学分析，评估了突变压力和自然选择在柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12这五种型别病毒进化中的作用，为深入了解柯萨奇病毒的遗传进化机制提供了理论依据。

关键词(KeyWords)： 柯萨奇病毒;密码子使用分析;中性进化;突变压力

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家自然科学基金（项目号：81902065）,题目：长链非编码RNA-RP11-54O7.17下调干扰素刺激基因15(ISG15)表达促进EV71感染致重症的机制研究;; 山东省自然科学基金（项目号：ZR2018PH034）,题目：柯萨奇病毒A2型分子流行病学特征及对ICR鼠中枢神经系统致病性研究;; 泰山学者青年专家计划项目~~

作者(Authors): 姚雪;谢彬;韦庆娟;王敏;宗帅;胡弢;高蕾;邢薇佳;王建醒;李娟;

DOI: 10.13242/j.cnki.bingduxuebao.004257

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