宁夏地区5株GI型诺如病毒的全基因组序列分析Whole-genome Sequence Analysis of 5 GI Strains of Norovirus Isolated in Ningxia, China
陈倩,魏开心,石安琪,高磊,冼然,赵瑜,马江涛
摘要(Abstract)：
为分析宁夏地区GI型诺如病毒全基因组序列，了解其基因结构特点及进化特征。对2019-2021年宁夏腹泻患者粪便标本进行GI/GII型诺如病毒初筛，GI型阳性样本扩增其聚合酶（RdRp）-衣壳蛋白（Capsid）区基因，利用BLAST及诺如病毒在线分型网站进行型别鉴定后，选取Ct≤30的样本进行全基因组序列测序，使用MEGA-7、Simplot和BioEdit等软件进行相关分析。本研究共收集腹泻患者粪便标本4 249份，检出GI型诺如病毒阳性样本57份，获得RdRp-Capsid区基因序列11株及全基因组序列5株。11株GI型诺如病毒鉴定后分别属于GI.3[P13]、GI.3[P10]、GI.5[P4]和GI.6[P11]4种型别。5株全基因组株中，SZS21-047和HY21-029在靠近ORF1与ORF2重叠区发生重组，3个GI.3型及1个GI.5型毒株与各型原型株之间在衣壳蛋白P2区存在多处位点变异。宁夏地区GI型NoV型别多样，重组和变异频繁，故应加强本地区诺如病毒监测，为疫情防控提供理论依据。
关键词(KeyWords)： 诺如病毒;GI型;全基因组序列;基因重组;遗传变异
基金项目(Foundation): 国家自然科学基金（项目号：81960607）,题目：宁夏流行诺如病毒分布特征及分子进化规律研究~~
作者(Author): 陈倩,魏开心,石安琪,高磊,冼然,赵瑜,马江涛
DOI: 10.13242/j.cnki.bingduxuebao.004354
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