病毒学报

2021, v.37(02) 389-397

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貉源阿留申病毒全基因组测序及末端序列分子特征分析
Complete Genome Sequencing and Terminal Sequences Molecular Characteristics Analysis of Raccoon Dog and Arctic Fox Amdoparvovirus

赵永强;吴艳虹;章秀婷;韦韬;丛丽;邵西群;

摘要(Abstract):

貉源阿留申病毒(Raccoon dog and arctic fox amdoparvovirus,RFAV)是自然感染貉和蓝狐的新种阿留申病毒(Amdoparvovirus),为测序RFAV全基因组序列,预测分析RFAV末端发夹结构序列分子特征。本研究采用分段克隆成功获得3株长4 832nt、4 827nt、4 830nt的RFAV全基因组序列,分别命名为RFAV-Y9J、RFAV-RD15、RFAV-HS-R,利用在线软件预测RFAV末端序列二级结构,并与水貂阿留申病毒(AMDV)末端序列进行同源性比对。结果显示阿留申病毒种间、种内3’末端基因组序列保守性强,均存在116nt的Y型发夹结构;RFAV-Y9J与RFAV-RD15毒株5′末端分别存在310nt、305nt的U型发夹结构,RFAV和AMDV种内5′末端基因组序列保守性强,而种间5′末端基因组序列有较大变异。本研究首次完整测序了RFAV的3′和5′末端序列,为其他种阿留申病毒的末端序列扩增提供一种有效方法,为构建RFAV的全基因组序列感染性克隆奠定了基础。

关键词(KeyWords): 貉源阿留申病毒;全基因组;末端发夹结构

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 吉林省自然科学基金(20190201169JC),题目:阿留申病毒感染的宿主普调查与病毒扩张的基因变异分析;; 中国农业科学院科技创新工程专项经费(CAAS-ASTIP-2020-ISAPS)~~

作者(Author): 赵永强;吴艳虹;章秀婷;韦韬;丛丽;邵西群;

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DOI: 10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003874

参考文献(References):

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