病毒学报

2021, v.37(02) 404-414

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新疆喀什喜马拉雅旱獭病毒组研究
Viral Metagenomic Analyses of Himalayan Marmots in Kashgar,Xinjiang,China

孙悦;屈勇刚;涂长春;朱国强;何彪;

摘要(Abstract):

新疆地处我国西北边境,与多国相邻,同时生活着种类繁多和数量庞大的啮齿动物。新疆也是多种人兽共患病的自然疫源地,然而该地区啮齿动物携带病毒的本底数据还十分欠缺。本研究对新疆喀什地区喜马拉雅旱獭肠道样品,通过宏转录组法(Meta-transcriptomics,MTT)、序列不依赖扩增法(Sequence-independent amplification,SIA)、宏基因组法(Metagenomics,MTG)和多重替代扩增法(Multiple displacement amplification,MDA)进行病毒组学分析,结果发现30个科的病毒;进一步比较发现,四种方法具有不同的病毒捕获效果,其中MDA适合DNA病毒组,MTT适合RNA病毒组,而SIA则非常适合全病毒组。本研究重点对星状病毒、甲型肝炎病毒、腺病毒、博卡细小病毒进行遗传进化分析,其中星状病毒、腺病毒都与已知病毒具有明显的遗传差异性,为病毒新种;而甲型肝炎病毒、博卡细小病毒与参考毒株差异较小;对7种病毒进行检测,揭示了该地区旱獭携带病毒的多样性和流行情况。本研究获得了新疆喀什地区旱獭肠道样品的病毒组信息,增强了对该动物携带病毒多样性的认识。

关键词(KeyWords): 新疆;喜马拉雅旱獭;宏病毒组;病毒多样性

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家自然科学基金(项目号:32022083),题目:动物病毒组学及新病毒的发现与鉴定~~

作者(Author): 孙悦;屈勇刚;涂长春;朱国强;何彪;

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DOI: 10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003894

参考文献(References):

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